Основан со Одлука на Президиумот на АСНОМ од 31 јануари 1945 г, како драмски театар во истата зграда на предвоениот Народен театар „Крал Александар I“. Во текот на првите две сезони МНТ и функционира исклучиво како драмски театар. Во текот на наредните четири години театарот се доорганизирал: оперскиот ансамбл бил конституиран во 1947 година (првата оперска премиера, „Кавалерија рустикана“, е изведена на 9 мај 1947 г.), а балетскиот во 1949 (првата балетска премиера, „Валпургиска ноќ“ е изведена на 27 јануари 1949).

Ваквиот модел на театарска организација (драма-опера-балет, популарно наречен австроунгарски), е променет во 2004 година, кога МНТ го задржал драмскиот ансамбл, а операта и балетот станале посебна организација - Македонска опера и балет (МОБ).

МНТ работел во истата зграда до земјотресот од 1963, кога таа била тешко оштетена и подоцна урната. После ова, МНТ работел во привремениот објект Театар Центар, до изградбата на новата зграда на МНТ во 1980-тите.

Таа зграда денес ја користи Македонската опера и балет (МОБ), а од 2013 г. МНТ се вселува во одново изградената стара зграда на кејот „“ на реката Вардар.