Денешната стара железничка станица во Скопје почнала да се гради во 1937 година. Пред тоа на ова место се наоѓала железничката станица која била изградена уште во 1873 година, кога и бил воведен железничкиот сообраќај во Македонија.

Камен-темелите биле поставени во 1937 година, а изградбата траела 3 години. Железничката станица била пуштена во работа во 1940 година и била најубава на Балканот во тоа време. Главниот влез на новоизградената железничка станица бил на улицата Крал Петар, а таа излегувала и на улицата Принц Ѓорѓе.

Во крилата на зградата биле сместени канцелариите. На перонот, поплочен со најубави романски плочки, застанувале и продолжувале возовите кон Европа, а тука минувал и прочуениот "Ориент експрес". Во скопската Железничка станица, за 24 часа влегувале и од неа излегувале 24 возови. Просечно дневно пристигнувале 1.000 патници. Железничката станица, како главна сообраќајна установа на еден град, станала центар на изградбата на ново Скопје, во кое таа била столб околу кој се движел животот на градот.

На 26 јули 1963 година, за време на катастрофалниот земјотрес што го зафати Скопје, е разурната и железничката станица.

Денес, како потсетник на трагедијата во 1963, сеуште стои часовникот на железничката станица, застанат точно во времето кога удрил земјотресот - 05:17